L’origine della Biblioteca Universitaria di Sassari è strettamente legata al lascito che Alessio Fontana, funzionario della cancelleria imperiale di Carlo V, destinò, nel 1558, alla fondazione del Collegio Gesuitico. Questi libri, insieme a quelli pervenuti con le donazioni, tra il XVI e il XVII secolo, costituiscono il nucleo fondante della biblioteca.

Questo primo fondo rispecchiava le discipline oggetto di studio delle scuole inferiori del Collegio che, secondo la ratio studiorum, erano mirate a porre le basi di un’educazione cristiana, con lo studio della grammatica, della retorica e dialettica, della filosofia, della teologia e delle sacre scritture.

Con la trasformazione del Collegio degli Studi in Università nel 1632, la biblioteca incrementò il suo patrimonio librario, grazie soprattutto al provvedimento emanato nel 1658 con il quale si potevano introdurre sull’isola libri senza il pagamento di alcun dazio. A seguito della chiusura dei collegi religiosi attraverso la Dominus ac Redemptor del 21 luglio 1773 di Clemente XIV, il re di Sardegna Vittorio Amedeo III dispose che i volumi appartenuti ai due ex collegi dei gesuiti, venissero versati alla Regia Biblioteca dell’Ateneo turritano. L’incorporazione delle due ex biblioteche è da datare quindi tra il 1782 e il 1784.  Nel 1799 l’abate De Candia ebbe l’ordine di riordinare la biblioteca, progettando un notevole acquisto di volumi che soddisfacesse le esigenze degli insegnamenti universitari impartiti all’epoca.

Agli inizi del 1800 la sede della biblioteca era stata individuata in due stanze al primo piano dell’edificio dell’Università Centrale di Sassari. Nel 1847, con le riforme di Carlo Alberto, la Sardegna era stata “fusa” insieme agli altri Stati di Terraferma, e quindi la Biblioteca di Sassari, fu annoverata tra gli “stabilimenti scientifici” dell’Università.

L’11 maggio 1859 fu pubblicato il regolamento ministeriale per le regie biblioteche: un importante documento che riassume tutti i compiti e i doveri cui doveva assolvere il responsabile, sotto la supervisione del Rettore dell’Università.

Tra il 1855 e il 1866 furono soppresse le congregazioni religiose della provincia e i loro beni, libri compresi, furono donati allo Stato. Un consistente patrimonio librario dei conventi confluì proprio alla Biblioteca Universitaria. Il regio decreto del 1866 prevedeva che anche tutti i manoscritti confluissero nelle biblioteche pubbliche, quindi si passò, a seguito dei lasciti,  da un patrimonio di 19.985 volumi ad un totale di 34.673 opere  (volumi e manoscritti).

Nel 1872 alla biblioteca furono assegnati gli spazi del primo piano della sede centrale dell’Università di Sassari,  dove rimase fino al 2014, per poi trasferirsi, grazie al restauro da parte della Direzione Generale Biblioteche, presso  l’attuale sede del complesso monumentale dell’Ex Ospedale civile SS. Annunziata di via Enrico Costa 57.

Tra i direttori che si sono avvicendati nella guida dell’Istituto ricordiamo Giuseppe Maurizio Marongio,  dal 1864 al 1893, lo studioso di biblioteconomia, Giuliano Bonazzi, che la diresse fino al 1899 e al quale si deve  la preziosa acquisizione del cartulario monastico del Condaghe di San Pietro di Silki (Ms. 95) e i frammenti dello Statuto trecentesco di Castelgenovese (Ms. 3).  Alla Direzione di Giuseppe Zapparoli, nel 1914, si deve invece riconoscere l’importante acquisizione di alcuni manoscritti di Salvatore Farina, Sebastiano Satta e del Premio Nobel Grazia Deledda.